Masalah gigi
Seperti jenis hewan pengerat lainnya, gigi marmut tumbuh terus sepanjang hidupnya. Marmut membutuhkan pola makan serat yang cukup tinggi untuk memastikan gigi mereka rata dan untuk mencegah agar tidak tumbuh melebihi batas. Indikasi penyebab masalah gigi adalah adanya kandungan air liur disekitar mulut, dada atau tangan bagian depan, dan ketidak mampuan marmut untuk memakan atau mengunyah makanan. Temui dokter hewan untuk minta nasehat apabila anda merasa kuatir.
Bisul
Dapat terjadi karena bertengkar atau terpukul, atau mungkin disebabkan oleh makanan yang tajam, sehingga bisa melukai mulut marmut. Hal ini bisa menyebabkan mulut marmut menjadi bengkak. Sebaiknya anda memindahkan marmut yang terserang bisul ke kandang lain dan segera mungkin hubungi dokter hewan untuk mendapat perawatan.
Masalah kulit
Marmut cendrung mengalami masalah kulit. Umumnya, masalah kulit yang dialami adalah semacam kudis. Kudis disebabkan oleh tungau kecil yang bersembunyi di permukaan kulit marmut. Garutan-garutan kecil yang menyebabkan gatal, mungkin dapat mengakibatkan timbulnya kudis yang parah dan juga bisa menyebabkan bulu marmut anda menjadi rontok. Sebaiknya bawa marmut anda kedokter hewan untuk mendapat perawatan lebih lanjut untuk masalah kulit ini.
Serangan lalat
Kotoran marmut ternyata dapat mengundang lalat untuk datang, baik itu dalam kandang maupun di bagian belakang tubuh marmut. Telur-telur lalat akan menetas menjadi belatung dan akan memakan kotoran marmut dan kemudian akan bersembunyi di tubuh marmut dan memakan dagingnya. Hal inilah yang membuat marmut merasa tidak nyaman, menderita dan bahkan tak jarang banyak yang mati. Hindari serangan lalat dengan cara memindahkan atau membuang kotoran dari dalam kandang secara teratur, menyisir bulu marmut setiap hari dan pastikan sirkulasi udara kedalam kandang tetap terjaga.